Родился в деревне Малехис (округ Чибуто) в мозамбикской провинции Газа, обучался в начальной школе Шай-Шай административного центра провинции, затем в лицее Лоренсу-Маркиша (ныне Мапуту), с 1960 изучал в медицину в Лиссабонском университете.
Во время учёбы в Мозамбике стал членом Несам (ячейка африканцев-учеников средней школы, националистической организации, созданной Эдуардо Мондлане). В Португалии выдвинулся как один из организаторов и первый председатель Национального союза мозамбикских студентов. Чтобы избежать ареста за политическую деятельность, в 1961 г. уехал во Францию, где присоединился к движению за национальное освобождение Мозамбика.
В 1962 г. участвовал в создании ФРЕЛИМО, в 1963-м прервал учёбу, чтобы стать секретарём председателя ФРЕЛИМО Эдуардо Мондлане в Дар-эс-Саламе. Член ЦК ФРЕЛИМО с 1963. Был назначен секретарём департамента образования ФРЕЛИМО, в 1964-м был вр.и.о. секретаря по информации и пропаганде и секретаря по обороне, когда данные лица проходили обучение за границей.
В 1964-м продолжил учёбу, в 1965-м стал преподавателем Мозамбикского института в Танзании и вновь секретарём Э.Мондлане. С 1965 также секретарь новообразованного департамента безопасности ФРЕЛИМО. В 1966 прошёл курс военного обучения за границей.
На II съезде ФРЕЛИМО в 1968, проходившем на освобождённой территории в провинции Ньяса, переизбран членом ЦК. Во время кризиса в движении и после гибели Э.Мондлане в феврале 1969 - сторонник Саморы Машела. С 1969 - член политического и военного комитета ФРЕЛИМО и член исполкома.
В конце 1960-х - начале 1970-х представлял интересы ФРЕЛИМО в Европе.
В сентябре 1974 - июне 1975 - премьер-министр переходного правительства Мозамбика. После образования правительства независимого Мозамбика - министр иностранных дел и генерал-майор.
На III съезде ФРЕЛИМО (февраль 1977) переизбран членом ЦК и членом Постоянного политического комитета (позже - политбюро), секретарём ЦК по внешним связям. На первых всеобщих выборах 1977 года избран депутатом Народной ассамблеи, позднее членом Постоянного комитета Ассамблеи.
После гибели Саморы Машела ЦК партии 3 ноября 1986 избрал Чиссано Председателем ФРЕЛИМО. 6 ноября 1986 г. он стал президентом страны.
На этом посту он придерживался прагматичного подхода к внешней и внутренней политике, добился подписания мирного соглашения, положившего конец гражданской войне в Мозамбике, провёл смену внешнеполитической ориентации страны и осуществил демонтаж однопартийной системы. Под его руководством разорённый многолетней гражданской войной Мозамбик, входивший в число беднейших стран, добился одних из самых высоких темпов экономического роста в мире.
Переизбран на пост президента в 1993 и 1999 годах на свободных выборах. В 2004-м добровольно отказался баллотироваться вновь и 2 февраля 2005 года на посту президента его сменил Арманду Эмилью Гебуза.
После ухода в отставку занимал ряд должностей в ООН, в июле 2003 - июле 2004 возглавлял Африканский Союз.
В марте 2012 года Жоакин Чиссано был назначен сопредседателем (вместе с экс-президентом Финляндии Тарьей Халонен) рабочей группы Организации Объединённых Наций по вопросам народонаселения. Проблемы, которыми будет заниматься эта рабочая группа, включают в себя сексуальное здоровье населения, а также здоровье женщин во время беременности и родов.