Родился 22 сентября 1844 года в селе Брынь Калужской епархии - ныне Думиничский район Калужской области.
Окончил Закончив Калужское духовное училище, Калужскую духовную семинарию и Московскую духовную академию в 1870 году со степенью кандидата богословия и оставлен при академии помощником Секретаря Совета.
В 1872 году - смотритель Мещовского духовного училища Калужской епархии.
С 16 октября 1873 года - преподаватель Вифанской духовной семинарии.
6 ноября 1876 года утверждён в учёной степени магистра богословия.
12 августа 1886 года пострижен в монашество. 17 августа рукоположен во иеромонаха.
1 октября - возведён в сан архимандрита и назначен ректором Вифанской духовной семинарии.
28 апреля 1891 года хиротонисан во епископа Балахнинского, викария Нижегородской епархии. Хиротония состоялась в Московском Успенском соборе.
С 29 сентября 1892 года - епископ Уманский, викарий Киевской епархии.
С 16 января 1893 года - епископ Чигиринский, викарий Киевской епархии.
С 26 января 1898 года - епископ Кишинёвский и Хотинский.
С 12 августа 1904 года - архиепископ Ярославский и Ростовский.
В этом же году избран в почётные члены Киевской духовной академии.
В 1906 году был членом Предсоборного Присутствия и состоял председателем третьего отдела о реформе церковного суда.
С 25 января 1907 года - архиепископ Симбирский и Сызранский.
С 10 декабря 1910 года - архиепископ Казанский и Свияжский.
Довольно часто выступал с речами и проповедями, но практически не ездил по епархии.
С 29 сентября 1912 года - почётный член Московской и Казанской духовных академий.
5 октября 1916 года награждён бриллиантовым крестом для ношения на клобуке.
Был участником Всероссийсого Церковного Собора 1917 года в Москве, на котором Патриархом Тихоном возведён в сан митрополита.
Митрополит Мануил (Лемешевский) смог вспомнить о нём следующее: «Имел тяжёлый характер. Любил писать по церковным вопросам, но ни в чем не чувствовалось сердечности. Всегда интересовался, как выгоднее сдавать на хранение деньги».
После взятия Казани войсками Народной Армии Самарского правительства Комуча и Чехословацкого корпуса Народной Армии Самарского правительства Комуча 5 августа 1917 года, Митрополит Иаков приветствовал новые власти и благословил сбор средств «в пользу Народной армии» в храмах епархии. В первых числах сентября, Казань вновь оказалась под властью большевиков, вместе с отступающими частями белых покинул Казань и до конца Гражданской войны находился на территории, контролируемой белыми.
Митрополит Иаков стал временно управляющим Томской епархией. В конце 1919 года, когда Томск был занят красными, владыка Иаков был назначен временно управляющим Томской епархией уже указом патриарха Тихона. В марте 1920 года он уже официально стал митрополитом Томским, а в начале следующего, 1921 года, был по прошению уволен на покой и назначен настоятелем Симонова монастыря в Москве.
В марте 1922 года был арестован, несколько дней провёл в тюрьме, но скоро был отпущен.
В 1922 году в Томске скончался вскоре после перенесенной тяжелой операции.