Далянь ШидэВпервые Дун Фанчжо заявил о себе в 2000 году, когда был назван игроком юношеского турнира U-17 в Китае. Он заключил первый профессиональный контракт с клубом «Далянь Сайдэлун», которому помог завоевать призовое место в Китайской Лиге Б в 2002 году. После этого он попал в национальную команду U-23, а также сменил команду на «Далянь Шидэ», один из самых успешных клубов в Китае. Дун отличился в своем втором матче за новую команду в квалификационном раунде Лиги Чемпионов АФК 2002–03 годов.
ЕвропаДун Фанчжо стал первым китайским футболистом в «Манчестер Юнайтед». Перейдя в «Юнайтед» в январе 2004 года из «Далянь Шидэ», он тут же был отдан на два года в аренду в бельгийский «Антверпен», пока не получил право на работу в Англии и возможность играть в чемпионате Англии.
В 2005 году Дун принял участие в предсезонном азиатском турне «Юнайтед», в ходе которого дебютировал в команде в матче со сборной Гонконга, который манкунианцы выиграли со счётом (2:0), а Дун забил один мяч. В 2006 году юный китайский нападающий отличился во время летнего турне команды по Южной Африке, забив единственный мяч в матче против команды «Кайзер Чифс».
В конце 2006 года «Манчестер Юнайтед» получил для Дуна разрешение на работу в Англии, а 17 января 2007 года он подписал новый контракт с «Юнайтед» до 2010 года и получил право выступать в Премьер-лиге. Дебют на Олд Траффорд состоялся в товарищеском матче 13 марта 2007 года - Дун вышел на замену на 72 минуте, а его команда одержала победу со счетом 4-3. Однако регулярно выступал Дун лишь за резервную команду. Дебют в Премьер-лиге состоялся 9 мая 2007 года против «Челси» на Стэмфорд Бридж, в котором он вышел в паре с Оле Гуннаром Сульшером . 12 декабря 2007 года, Дун впервые принял участие в матче Лиги чемпионов УЕФА в последнем матче квалификационного раунда против «Ромы», когда вышел на замену вместо Уэйна Руни. Таким образом он стал вторым представителем Китая, который принял участие в розыгрыше Лиги чемпионов УЕФА (первым был Сунь Сян). Однако после этого он всего лишь раз выходил в официальных матчах в сезоне 2007–08 годов, сыграв 90 минут в Кубке Лиги против «Ковентри Сити». В матчах за резервную команду Дун забил четыре мяча в трех матчах, однако затем получил повреждение.
Перед началом сезона 2008–09 Дуну не достался номер, футболка с его номером 21 перекочевала к Рафаэлю да Силве. 28 августа 2008 года, Футболист и «Юнайтед» оформили соглашение, по которому он может прервать действие текущего контракт, если найдет команду, за которую сможет выступать в основном составе.
Возвращение в Далянь Шидэ27 августа 2008 года Дун вернулся в Китай, перейдя в клуб «Далянь Шидэ». В новой команде он взял номер 9, под которым ранее выступал знаменитый китайский нападающий Хао Хайдун. Несмотря на ожидания, игрок не слишком хорошо показал себя в китайской Суперлиге. Не выдержав конкуренции в составе новой команды, Дун Фанчжо был переведен в резервный состав. Также он не был приглашен и в национальную сборную.
ЛегияПосле тренировок с польской командой «Легия» в Испании и на Кипре, Дун подписал контракт на 18 месяцев с возможностью продления еще на два года в случае удачного выступления за новую команду. Первый матч в составе «Легии» сыграл 13 марта 2010 года против «Полонии».. 1 августа 2010 года контракт с ним был расторгнут.
ПортимоненсиПо рекомендации бывшего партнера по «Манчестер Юнайтед» Кристиано Роналдо, в августе 2010 года Дун заключил контракт сроком на один год с португальским клубом «Портимоненси».
МикаВ марте 2011 года, после недолгого пребывания в Португалии, Дун вновь сменил клуб. На этот раз им стал представитель Армении футбольный клуб «Мика». Дун Фанчжо стал первым китайским футболистом в Армении. Не став долго входить в колею, сразу завоевал место в игровой схеме команды.