Могила Лисина на Серафимовском кладбище Санкт-Петербурга.
Родился 13 (26) июля 1909 года в городе Саратове. Национальность: Русский. C 1929 года член ВКП(б) (исключён осенью 1942 года, но после был восстановлен). Трудовую деятельность начал в 1926 году слесарем на предприятиях Саратова и Сталинграда, с 1930 перешёл на комсомольскую работу: секретарь комитета ВЛКСМ на Сталинградской ГЭС, завотделом Сталинградского горкома, заместителем завотделом Нижне-Волжского крайкома комсомола. Был избран делегатом IХ съезда ВЛКСМ.
По комсомольской путёвке в 1931 году поступил в Военно-морское училище имени М. В. Фрунзе, которое окончил в 1936 году. После чего служил штурманом на ПЛ Щ-313 Краснознамённого Балтийского флота (с мая 1936 года по июнь 1937 года) и Щ-401 Северного флота (с июня по ноябрь 1937 года).
В 1938 году, будучи в рядах добровольцев-интернационалистов, принимает участие в боевых действиях республиканского флота против фашистских ВМС в Испании. Был старшим помощником командира на испанских подводных лодках С-4 (командир Кузьмин Г. Ю.) и С-2 (командир Егоров В. А.).
После возвращения из Испании назначен командиром ПЛ С-7, строящейся в то время в городе Горьком на заводе № 112 «Красное Сормово». Во время строительства занимался формированием и подготовкой экипажа.
Во время Великой Отечественной войны был командиром ПЛ С-7. К сентябрю 1942 года им было совершено 4 боевых похода, произведено 9 торпедных атак и потоплено 4 транспорта врага, взяты в плен капитан и матрос одного из потопленных судов. В одном из этих походов впервые произвёл обстрел из 100 мм орудия железнодорожной станции и завода на вражеской территории (в городе Нарва). За боевые заслуги экипаж был отмечен правительственными наградами, а командир представлен к званию Героя Советского Союза.
Свой пятый боевой поход капитан 3-го ранга Лисин начал 17 октября 1942 года. Форсировав минные заграждения в Финском заливе, 21 октября сообщил в штаб о выходе ПЛ в открытую часть Балтики, после чего связь с лодкой прекратилась.
Как выяснилось позже, в районе 20 часов 21 октября 1942 года, находясь в надводном положении и производя перезарядку аккумуляторной батареи, ПЛ С-7 была торпедирована финской ПЛ «Весихииси» («Морской чёрт») и затонула. В живых остались только члены экипажа, находившиеся на мостике. В их числе капитан 3-го ранга Лисин, вахтенный офицер штурман старший лейтенант Михаил Хрусталев и трое матросов Оленин С., Субботин В., и Куница В. Штурман утонул, остальные попали в плен.
С момента затопления ПЛ С-7, до момента выхода Финляндии из Второй мировой войны в 1944 году, капитан 3-го ранга Лисин находился в плену.
После возвращения из плена капитан 3-го ранга Лисин был отправлен в Подольск, где прошёл проверку в спецлагере НКВД, закончившуюся полной реабилитацией и восстановлением в кадрах ВМФ и отправкой на Тихоокеанский флот. В 1945 году служит командиром дивизиона ПЛ в Порт-Артуре. Там же в июле 1945 года ему вручили Золотую Звезду (№ 7123) Героя Советского Союза и орден Ленина в соответствии с Указом Президиума Верховного Совета СССР от 24. 10. 1942 г. (за две недели до пленения). В партии же его восстановили лишь в 1957 году.
С декабря 1947 по март 1948 года являлся заместителем начальника 3-го отделения отдела боевой подготовки 5-го ВМФ СССР на Тихом океане.
С 1948 года Сергей Прокофьевич занимался педагогической деятельностью в Военно-морских училищах (ВМУ) в городе Ленинграде: в Высших специальных офицерских классах подводного плавания и противолодочной обороны КУОПП имени С. М. Кирова и в Ленинградском высшем инженерном морском училище имени адмирала С. О. Макарова.
После выхода в отставку в 1970 году, капитан 1-го ранга Лисин читал курс лекций по морской истории в ЛВИМУ имени адмирала С. О. Макарова. А также являлся ответственным секретарём Ленинградской секции Советского комитета ветеранов войны.
Скончался 5 января 1992 года. Похоронен на Серафимовском кладбище Санкт-Петербурга.