Фархад Бадалбейли родился 27 декабря 1947 года в Баку в семье режиссёра, народного артиста Азербайджанской ССР Шамси Бадалбейли.
В 1969 году окончил Азербайджанскую консерваторию имени У. Гаджибекова (класс М. Бреннера), а в 1971 - аспирантуру Московской консерватории (под руководством Беллы Давидович).
В репертуаре Ф. Бадалбейли музыка разных стилей и эпох (И. Бах, Л. Бетховен, И. Брамс, Р. Шуман, К. Сен-Санс, С. С. Прокофьев, Дж. Гершвин, Б. Барток и др.), в том числе произведения азербайджанских композиторов (У. Гаджибеков, К. Караев, Ф. Амиров и др.).
Гастролирует за рубежом (Болгария, Германия, Греция, Дания, Израиль, Италия, Куба, Норвегия, Португалия, Тунис, Турция, Финляндия, Франция, Чехословакия, Швеция, Югославия, Япония и др.). Выступал с Московским (СССР-Россия), Хьюстонским (США), Загребским (Югославия), Анкарским, Измирским, Стамбульским (Турция) оркестрами, дирижёрами В. Дудатовой, В. Федосеевым (СССР-Россия), А. Хеллером (США), Х. Шимшеком, Г. Айкалом (Турция).
С 1971 года преподаёт в Азербайджанской консерватории, с 1981 года - доцент, с 1983 - профессор, с 1991 - ректор.
В 1986-1989 гг. - первый заместитель председателя правления Музыкального общества Азербайджана. По инициативе Ф. Бадалбейли создан бакинский Центр искусств (БЦИ), который он возглавлял в 1987-1996 годах. С 1989 года - председатель Союза музыкальных деятелей Азербайджана (СМД). В 1995 году был избран членом американо-азербайджанского фонда «Друзья культуры Азербайджана».
С 2009 года - основатель и художественный руководитель Габалинского музыкального фестиваля.
Ф. Бадалбейли - член Правления Азербайджанской общины Нагорного Карабаха.