Из мещанской семьи. В 1916 году окончил общеобразовательное отделение Школы живописи, ваяния и зодчества, а в 1919 году - архитектурное отделение Школы зодчества.
В 1923 году поступил послушником в Смоленско-Зосимову пустынь Владимирской епархии.
22 марта 1923 года возведён в сан диакона.
В 1925 году пострижен в монашество в Высокопетровском монастыре Москвы архиепископом Варфоломеем (Ремовым). 16 января 1927 года возведён в сан иеромонаха.
Летом 1929 года храм в Петровском монастыре был закрыт, и монахи перешли в храм преподобного Сергия на Большой Дмитровке.
В 1932 году возведён в сан архимандрита.
16 апреля 1932 года арестован за «проведение систематической антисоветской агитации». Был освобожден одним из первых из арестованных.
В начале 1933 года подал в правоохранительные органы сведения о том, что при храме преподобного Сергия созданы нелегальный монастырь и Духовная академия, и во время следствия выступил свидетелем обвинения против братии и прихожан Сергиевского храма. Всего по этому делу было арестовано двадцать четыре человека - священнослужители и миряне, в том числе и преподобномученик Феодор (Богоявленский).
Был настоятелем храма Рождества Пресвятой Богородицы, что в Путинках, в Москве.
Архиерейство21 мая 1935 года указом Патриаршего Местоблюстителя митрополита Сергия архимандриту Алексию определено быть епископом Каширским, викарием Московской епархии.
2 июня 1935 года в храма Рождества Пресвятой Богородицы, что в Путинках, состоялась хиротония архимандрита Алексия во епископа Каширского. Хиротонию совершали Блаженнейший Сергий (Страгородский), митрополит Московский и Коломенский и викарии Московской епархии - архиепископ Дмитровский Питирим (Крылов) и епископ Бронницкий Сергий (Воскресенский).
С 3 января 1936 года - епископ Серпуховский.
18 августа 1937 года назначен епископом Вологодским; указ «приостановлен» по причине болезни епископа.
С 25 августа 1937 года - епископ Егорьевский, викарий Московской епархии.
С 14 сентября 1937 года - епископ Ивановский.
В 1938 году после того как он увидел в советских газетах имя патриаршего местоблюстителя среди «шпионов и диверсантов», поспешил объявить о разрыве с ним и провозгласил «автокефалию» в Иванове. В 1939 году запрещён в священнослужении и предан суду архиереев. Акт запрещения подписали: митрополит Сергий (Страгородский), митрополит Алексий (Симанский), архиепископ Палладий (Шерстенников).
После присоединения к СССР Бессарабии и Северной Буковины встал вопрос об устроении церковной жизни в этих землях и поиски кандидата привели к запрещённому епископу Алексию, проживавшему к тому времени на покое в Москве. Принятый в общение с Церковью, он был 31 октября 1940 года назначен епископом Тульским , с поручением архиерейских служений в московском храме святителя Николая в Хамовниках. В декабре 1940 года ему было поручено временное управление Кишинёвской епархией. 12 мая 1941 года стал архиепископом Кишинёвским и Бессарабским, с управлением епархий Измаильской и Бельцкой, а также общим попечением о самостоятельной Черновицкой епархии.
После вторжения немецких войск, в связи с оставлением Красной армией Молдавии, архиепископ спешно покинул свою епархию и был назначен на Орловскую и Курскую кафедру. Известно, что под Воздвижение он служил в кладбищенской церкви Орла. Когда же неприятель занял и Орёл 3 октября 1941 году, ему 14 октября того же года был усвоен титул архиепископа Тамбовского.
На февраль 1942 года - архиепископ Уфимский, но в Уфу прибыть не смог, живя в Москве.
С 13 июля 1942 года - архиепископ Рязанский, с позволением выехать в свою епархию.
С 14 июля 1943 года - управляющий Калужской и Тульской епархиями.
8 сентября 1943 года он был участником Архиерейского Собора Русской Православной Церкви.
С мая 1944 года - архиепископ Ярославский и Ростовский.
Награждён медалью «За доблестный труд в Великой Отечественной войне 1941-1945 гг.».
Во второй половине 1945 года он был послан патриархом Алексием в Америку для переговоров с митрополитом Феофилом (Пашковским) о возобновлении канонической связи с Московской Патриархией (находился в США с 6 сентября 1945 по 7 марта 1946 года).
13 января 1947 года назначен архиепископом Курский и Белгородский.
3 июня 1948 года назначен архиепископом Челябинским и Златоустовским, но указу не подчинился. 2 июля того же года уволен на покой, а 24 августа вновь назначен на ту же кафедру.
Когда с зимы 1948-1949 годов в стране вновь ужесточился контроль за деятельностью религиозных организаций, опять начались аресты священнослужителей и закрытия церквей патриарх Алексий постоянно призывал духовенство к осторожности, сдержанности в действиях, чтобы по возможности исключить любую возможность применения жёстких мер со стороны властей.
Архиепископ Алексий, не будучи сторонником активного архиерейского служения, сделал всё возможное в духе требований властей. Практически были прекращены поездки управляющего по епархии; ежемесячный выпуск бюллетеня о церковной жизни епархии архиепископ посчитал несвоевременным, от священников же он требовал сокращения времени службы, «ибо в церковь приходят трудящиеся, которые до этого занимались общественно-полезным трудом». Все ходатайства верующих об открытии храмов отклонялись и, наоборот, заявления-требования местных органов власти о закрытии действующих храмов, как правило, решались положительно. В январе 1949 года он подписал указ по епархии о запрещении священникам выполнять религиозные требы на дому и, наконец, своим решением от 19 апреля 1949 года рекомендовал ограничить колокольный звон на Пасху и «сосредоточить на территории храма или кладбища все обычаи, церковным уставом требуемые совершать вне стен храмов епархии».
Постановлением Синода от 17 марта 1950 года назначен архиепископом Калининским и Кашинским.
20 июля 1951 года ему поручено временное управление Великолукской епархией.
29 июля 1954 года, согласно прошению, уволен на покой, по постановлению Синода «с лишением на будущее время права занимать какую-либо епископскую кафедру». Во всех областных и краевых газетах были напечатаны выдержки из скандального процесса во время управления им Калининской епархией.
Однако с 14 марта 1957 года назначается архиепископом Алма-Атинским.
Но уже 20 февраля 1958 года решением Синода, несмотря на его прошение о предоставлении двухмесячного отпуска, уволен на покой «по болезненному состоянию».
Проживал на покое в Москве. Скончался 6 апреля 1968 года в Москве после продолжительной болезни. Отпевание состоялось 8 апреля 1968 года в храме Калитниковского кладбища в Москве. На этом же кладбище он и был погребён.