С 1940 года находился вместе с родителями и сестрой в Варшавском гетто. Семья бежала из гетто в Восточную Польшу, находящуюся под контролем СССР.
В годы Великой Отечественной войны находился в эвакуации в Алма-Ате (1942 г.) и Коканде. В 1945 году был среди группы советских пионеров, которые дарили цветы И. В. Сталину.
В 1946 году семья Хальтеров возвращена в Польшу, а в 1950 году переезжает во Францию. Окончил Школу изящных искусств в Париже. Занимался живописью.
В 1954 году - лауреат Международной художественной премии Довиля и лауреат Биеннале а Анконе.
В 1955 году - первая персональная выставка в Буэнос Айресе, где он жил в течение двух лет.
В 1957 году возвращается во Францию. Начинает публиковаться. Становится активистом движения за права человека, против расизма и антисемитизма, за мир на Ближнем Востоке.
В 1967 году, после Шестидневной войны, основал Международный комитет за мирные переговоры на Ближнем Востоке.
В 1968 году основал журнал «Eléments». Это было первое издание где сотрудничали израильские, палестинские и арабские авторы.
С начала 70-х годов XX века организует кампании за освобождение советских диссидентов.
В 1972 году создал Комитет за освобождение Эдуарда Кузнецова. Организовал ряд международных компаний в поддержку советских евреев.
В 1974 году принимает в Париже высланного из СССР А. И. Солженицына.
В 1976 году публикует первую книгу Le Fou et les rois.
В 1978 году основывает Комитет за освобождение аргентинского журналиста Д. Тимермана.
В 1981 году - создаёт комитет «Радио-Свободный Кабул» (фр. Radio-Kaboul libre).
С 1982 года - президент Института Андрея Сахарова.
В 1983 году - публикует роман «La Mémoire d’Abraham». Тираж этого романа изданного во многих странах мира превышает 5000000 экземпляров. Роман в течение 8 недель входил в лист бестселлеров газеты «Нью-Йорк Таймс» и получил премию «Livre Inter»
В 1991 году создал и возглавил Французский университетский колледж при Московском и Санкт-Петербургском государственном университетах.
В 1992 году, будучи другом Ицхака Рабина, Шимона Переса и Ясира Арафата, принял активное участие в организации секретных Израильско-Палестинских переговоров в Париже и Осло.
В 1994 году закончил снимать свой фильм : «Les Justes», который открывал в 1995 году Берлинский кинофестиваль.
В 2003 году являлся генеральным комиссаром Генерального Комиссариата по участию Франции в праздновании 300-летия Санкт-Петербурга.
Марек Хальтер опубликовал около двадцати книг, романов и эссе. Сотрудничает с дюжиной газет и журналов по всему миру: Libération, Paris Match, Die Welt, VSD, El País, The Jerusalem Post, The Forward, La Repubblica, Expressen и другими.