Окончил Александринский сиротский кадетский корпус (1863) и 3-е военное Александровское училище (1864).
В службу вступил в 1863.
1864 - 10.11.1865 - служил в 7-м стрелковом батальоне, подпоручик (23.05.1864).
10.11.1865 - 1872 - служил во 2-й гренадерской артиллерийской бригаде, переименован в прапорщики артиллерии (10.11.1865), подпоручик (29.08.1867), поручик (30.09.1869), штабс-капитан (1871), капитан (8.04.1873).
1869-1871 - обучался в Николаевской академии Генерального штаба.
20.09.1872 - 28.09.1874 - старший адъютант штаба 1-й гвардейской кавалерийской дивизии.
28.09.1874 - 12.08.1878 - состоял для поручений при штабе Гвардейского корпуса, подполковник (27.03.1877).
12.05.1877 - 4.04.1878 - отбывал цензовое командование батальоном в 33-м Елецком пехотном полку, участвовал в военных действиях, «за боевые отличия» в 1878 произведен в полковники, награжден золотым оружием и орденом Святого Владимира 4-й степени с мечами и бантом.
12.08.1878 - 2.11.1881 - штаб-офицер для поручений при штабе Гвардейского корпуса.
2.11.1881 - 17.07.1888 - начальник штаба 1-й гвардейской пехотной дивизии.
17.07.1888 - 23.10.1889 - командир 145-го Новочеркасского пехотного полка.
23.10.1889 - 20.03.1895 - начальник штаба Гвардейского корпуса, генерал-майор (23.10.1889).
20.03.1895 - 28.04.1896 - начальник 4-й стрелковой бригады.
28.04 - 19.06.1896 - в запасе армейской пехоты.
19.06.1896 - 26.10.1898 - начальник 58-й пехотной резервной бригады.
26.10.1898 - 3.09.1904 - начальник 27-й пехотной дивизии, генерал-лейтенант (6.12.1898).
3.09.1904 - 25.04.1905 - командир 6-го армейского корпуса.
25.04 - 7.05.1905 - состоял в распоряжении главнокомандующего на Дальнем Востоке.
7.05.1905 - 30.12.1906 - командир 8-го армейского корпуса. Принял командование уже в конце русско-японской войны и в боевых действиях не участвовал.
30.12.1906 - 24.08.1909 - председатель Комитета по образованию войск, генерал от инфантерии (6.12.1906).
24.08.1909 - 27.04.1912 - член Военного совета.
27.04.1912 отправлен в отставку «по болезни»; по словам генерала А. С. Лукомского, был уволен за то, что выступил в печати с критикой деятельности Военного совета, превратившегося в богадельню для престарелых генералов, и деятельность которого, в основном, сводилась к одобрению предложений канцелярии министерства.
Генерал Скугаревский был «одним из пионеров правильной организации и постановки тактических занятий с офицерами, и в особенности, военной игры».
Находясь в отставке, опубликовал работу, в которой раскритиковал пороки русской военной системы, и в первую очередь, порядок чинопроизводства и систему назначений.
...вся система назначений начальников в мирное время у нас не способствует, а затрудняет выдвижение людей с военными качествами. Качества военачальника для мирного и для военного времени несколько не сходятся: в мирное время требуется от начальника покладистость с начальством, а в военное время - сопротивляемость врагу. В мирное время затирают «сопротивляющихся» и выдвигают людей более покладистых, а они и на войне оказываются покладистыми... в отношении неприятеля.
- Скугаревский А. П. Выдвижение начальников (Армейские очерки)
По мнению Скугаревского, негативный искусственный отбор, практиковавшийся с николаевского времени, в сочетании с низкой дисциплиной среди старшего командного состава были главными причинами неудач русской армии, начиная с Крымской войны.
Впоследствии генерал Лукомский, заинтересовавшийся причинами хронических поражений русской армии (с середины XIX по начало XX веков были проиграны три из четырех крупных войн, а сама армия в итоге погибла), пришел к сходному выводу уже на материалах первой мировой войны:
Выдвижение достойнейших - было при нашей системе почти невозможно. Принцип старшинства (...) убил выдвижение вперед талантливых. За время войны это мы сильно ощущали, и много талантливых людей осталось в тени и не получило возможности выдвинуться на первые места, в то время когда старшие, командовавшие корпусами, а иногда и выше, были по своим качествам ниже среднего.
- Лукомский А. С. Очерки из моей жизни. Воспоминания, с. 227.