С 1990 года по 1994 год проходил воинскую службу в ВДВ. После отставки - с 1995 года предприниматель, до 1998 года руководил ЗАО «Корпорация „Антей“» г. Москве. С 1998 года по 1999 год - первый вице-президент компании «Росмясомолторг», одновременно являлся председателем наблюдательного совета ОАО «Шуйские ситцы». В 1999 году перешел на государственную службу. С 1999 года по январь 2000 года являлся первым заместителем генерального директора ГУП «Федеральное агентство по регулированию продовольственного рынка» при Министерстве сельского хозяйства и продовольствия Российской Федерации.
С февраля по август 2000 года первый заместитель председателя Правительства Московской области(по финансово-экономическому блоку). Был отстранён распоряжением губернатора Московской области Б. В. Громова с формулировкой «за однократное грубое нарушение трудовых обязанностей и в связи с прекращением доступа к государственной тайне». Но уже в ноябре 2000 года Бауманский суд Москвы вынес решение о восстановлении Михаила Бабича в должности и признал решение губернатора Б. В. Громова незаконным. На работу в Правительство Московской области не вернулся. С марта 2001 года - первый заместитель главы администрации Ивановской области и глава представительства области в Москве и работал на данной должности до 2002 года.
13 ноября 2002 года Указом главы администрации Чеченской республики Ахмада Кадырова был назначен на пост председателя Правительства ЧР. Сменил на этом посту Станислава Ильясова, но 8 февраля 2003 года после непродолжительного конфликта с главой администрации Чечни Ахмадом Кадыровым по поводу кадровых перестановок в Правительстве ЧР подал в отставку.
В июле 2003 года назначен помощником министра экономического развития и торговли Российской Федерации.
7 декабря 2003 года был избран депутатом Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации четвёртого созыва по Кинешемскому одномандатному избирательному округу № 81 (Ивановская область).
2 декабря 2007 года вновь был избран депутатом Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации пятого созыва по спискам партии «Единая Россия». В Государственной Думе являлся заместителем председателя Комитета по обороне и членом Комиссии по рассмотрению расходов федерального бюджета, направленных на обеспечение обороны и государственной безопасности Российской Федерации.
Михаил Бабич, Владимир Путин и Николай Меркушкин. Самара, 21 июля 2014 года
4 декабря 2011 года был избран депутатом Государственной Думы Федерального Собрания Российской Федерации шестого созыва по спискам партии «Единая Россия».
15 декабря 2011 года Указом Президента Российской Федерации №1626 назначен Полномочным Представителем Президента в ПФО.
29 декабря 2011 года Указом Президента Российской Федерации №1709 назначен Председателем Государственной комиссии по химическому разоружению.
С 19 января 2012 года является действительным государственным советником Российской Федерации 1 класса.
Член партии «Единая Россия».