Сын известного литературоведа и театроведа Ю. И. Кагарлицкого. Был студентом ГИТИСа, где его отец был профессором. Занимался чтением неортодоксальной марксистской литературы, запрещённой в СССР, особенно Г. Маркузе.
С 1977 - левый диссидент, участвовал в издании самиздатовских журналов «Варианты», «Левый поворот» (потом «Социализм и будущее»). В 1979 году стал кандидатом в члены КПСС. В 1980 году, после отлично сданного госэкзамена, по доносу Асафа Фараджева и Андрея Караулова (позднее ведущий телепередачи «Момент истины») был допрошен в КГБ и исключён из ГИТИСа и кандидатов в члены партии «за антиобщественную деятельность». Работал почтальоном.
В апреле 1982 года арестован по «Делу молодых социалистов» и год с небольшим провёл в Лефортовской тюрьме по обвинению в антисоветской пропаганде. В апреле 1983 года был освобождён в порядке помилования.
С 1983 по 1988 год Борис Кагарлицкий работал лифтёром, писал книги и статьи, публиковавшиеся на Западе, а с началом перестройки и в СССР. В 1988 году восстановлен в ГИТИСе и окончил его. В том же году его книга «Мыслящий тростник», вышедшая по-английски в Лондоне, получила в Великобритании Дойчеровскую мемориальную премию. С 1989 по 1991 год был обозревателем агентства ИМА-пресс.
В 1992-1994 годах работал обозревателем газеты Московской федерации профсоюзов «Солидарность». С марта 1993 по 1994 год - экспертом Федерации независимых профсоюзов России
С 1994 по 2002 год Б. Кагарлицкий работает старшим научным сотрудником Института сравнительной политологии РАН (ИСП РАН), где защитил кандидатскую диссертацию. В апреле 2002 года стал директором Института проблем глобализации, после его разделения в 2006 году возглавил Институт глобализации и социальных движений (ИГСО). Председатель редакционного совета журнала «Левая политика». Параллельно вёл активную журналистскую работу в ряде изданий - «The Moscow Times», «Новая газета», «Век», «Взгляд.ру», а также читал лекции в университетах России и США. Член научного сообщества Транснационального института (TNI, Амстердам) с 2000 года.
Борис Кагарлицкий выступает на митинге 2 марта 2013 года.
Осенью 1986 года вместе с Григорием Пельманом и Глебом Павловским создал Клуб социальных инициатив (КСИ), одну из первых «неформальных», то есть неподконтрольных КПСС, организаций. В августе 1987 года участвовал в организации первой конференции неформалов «Общественные инициативы в перестройке». Тогда же вместе с лидерами клуба «Община» Андреем Исаевым и Александром Шубиным создаёт Федерацию социалистических общественных клубов (ФСОК). В сентябре 1987 года совместно с Александром Гришиным начал издавать самиздатский журнал «Свидетель» (позже переименованный в «Левый поворот»). Вскоре группа членов КСИ, придерживавшихся твёрдой социалистической ориентации, создают клуб «Социалистическая инициатива», лидерами которого стали Б. Кагарлицкий и Михаил Малютин. После снятия Бориса Ельцина с поста первого секретаря Московского городского комитета КПСС участвовал в кампании «в защиту гласности в деле Ельцина».
Летом 1988 года Б. Кагарлицкий становится одним из лидеров создающегося Московского народного фронта (МНФ), где вместе с М. Малютиным вёл борьбу за социалистическую ориентацию новой организации.
В январе 1989 года МНФ предпринял попытку выдвинуть Кагарлицкого в народные депутаты СССР, но неудачно. Летом-осенью 1989 года в связи с ослаблением влияния социалистического крыла МНФ Б. Кагарлицкий создаёт Московский комитет новых социалистов (МКНС), постепенно отходя от участия в деятельности фронта. В конце 1989 года создал Всероссийский комитет за Социалистическую партию (ВКСП).
В начале 1990 года вошёл в блок кандидатов в народные депутаты «Демократическая Россия» и в марте был избран депутатом Моссовета. Один из авторов предвыборной программы «Город для горожан», которую поддержало около ста кандидатов в депутаты Моссовета от блока «ДемРоссия». В Моссовете открыто выступил против Гавриила Попова. Уже летом 1990 года вышел из «ДемРоссии», создав депутатскую группу «Московские левые» (позднее «Фракция труда»). В июне 1990 года участвует в создании Социалистической партии и избирается в её исполком. Летом-осенью того же года участвовал в попытке организации левого блока «Народное самоуправление», который должен был противостоять как консерваторам из КПСС, так и демократам из «ДемРоссии».
Весной 1991 года участвовал в попытке выдвинуть Татьяну Корягину в мэры Москвы от левых, но неудачно. В августе 1991 года вошёл в число инициаторов создания Партии труда (ПТ). В январе 1992 года Кагарлицкий становится членом Совета Московской городской организации ПТ, а в октябре членом Совета и исполкома партии.
В 1993 году Б. Кагарлицкий, разочарованный тем как идёт становление Партии труда, пытается договориться об объединении с Социалистической партией трудящихся. После того, как президент Ельцин подписал указ №1400 о роспуске Верховного Совета, выступил против незаконных действий главы государства. 3 октября 1993 года был задержан «вооруженными людьми в милицейской форме и в гражданском» вместе с депутатом Моссовета Владимиром Кондратовым и пресс-секретарём ФНПР Александром Сегалом якобы по подозрению в угоне автомобиля и избит, освобождён на следующий день благодаря члену Президентского совета Сергею Караганову и журналистам.
В 1994-1995 годах, во многом из-за конфликта с руководством ФНПР, Партия труда фактически прекратила своё существование, хотя и формально не была распущена. Осенью 1997 года баллотировался в Московскую городскую думу от Блока Николая Гончара, но проиграл выборы. После этого Б. Кагарлицкий отошёл от активного участия в политике, занимаясь преимущественно научными исследованиями, политической публицистикой и преподаванием.
В начале 2000 года принял участие в организации «Союза-2000», который планировал участвовать в выборах в парламент Союза России и Белоруссии, в итоге не состоявшихся. Во время выборов Президента РФ призывал к бойкоту первого тура выборов и к голосованию «против всех» - во втором.
9-10 ноября 2001 года принял участие в международной кампании солидарности против действий ВТО и других финансовых институтов и в учредительной конференции антиглобалистского движения «Мир - не товар»
В 2005 году участвовал в создании Левого фронта (ЛФ). Вскоре Московский Совет ЛФ раскололся на «умеренных», выступавших за сотрудничество с КПРФ, и «радикалов», настроенных против союза с партией Зюганова. Б. Кагарлицкий, примкнув к последним, покинул Совет и вошёл в Организационное совещание. Позднее он разочаровался в Левом фронте.