Родился 30 августа 1974 года в семье педагогов. Крещён в младенческом возрасте.
С детства и до поступления в Московскую духовную семинарию был прихожанином храма Воскресения Словущего, что в Брюсовом переулке города Москвы.
В 1991 году окончил среднюю школу в Москве.
В 1991-1993 годах учился в Московской духовной семинарии. В годы учёбы в МДС нёс певческое послушание в хоре МДАиС и регентское послушание в храме Зачатия праведной Анны, что в Углу, в Китай-городе Москвы
В 1994 году поступил в Московскую духовную академию.
31 марта 1995 года в Троицком соборе Троице-Сергиевой лавры ректором Московских духовных школ епископом Дмитровским Филаретом (Карагодиным) пострижен в монашество с именем Иоанн в честь преподобного Иоанна Лествичника.
18 апреля 1995 года в Покровском академическом храме Троице-Сергиевой лавры епископом Верейским Евгением (Решетниковым) рукоположён во иеродиакона.
Учась в МДА, нёс послушание в Церковно-археологическом кабинете при МДАиС.
В 1998 году окончил МДА, защитив кандидатскую диссертацию на кафедре церковной археологии по теме «Традиции церковного шитья на Руси».
По окончании духовной академии в 1998-2001 годах служил в храмах Москвы.
С 25 февраля 2001 года - штатный клирик Воскресенского кафедрального собора города Ровно.
31 марта 2001 года в Воскресенском кафедральном соборе города Ровно архиепископом Ровенским и Острожским Варфоломеем (Ващуком) рукоположён во иеромонаха.
С апреля 2001 года - штатный священник Воскресенского кафедрального собора города Ровно.
15 апреля 2001 года архиепископом Ровенским и Острожским Варфоломеем возведён в сан игумена.
11 мая 2003 года, в неделю жён-мироносиц, архиепископом Ровенским Варфоломеем возведён в сан архимандрита.
15 января 2004 года почислен за штат с правом перехода в Костромскую епархию согласно поданному прошению.
13 мая 2004 года назначен наместником Свято-Троицкого Ипатьевского монастыря Костромы.
15 августа 2004 года назначен директором Церковного историко-археологического музея Костромской епархии.
В июне 2011 году окончил двухлетний курс повышения квалификации в Общецерковной аспирантуре и докторантуре.
Архиерейство5 октября 2011 года решением Священного Синода избран епископом Магаданским и Синегорским.
7 октября 2011 года Святейший Патриарх Кирилл в Тронном зале Патриарших покоев Троице-Сергиевой лавры возглавил чин наречения архимандрита Иоанна (Павлихина) во епископа Магаданского.
12 октября 2011 года за Божественной литургией в храме святого Александра Невского в Балтийске Святейший Патриарх Кирилл возглавил хиротонию архимандрита Иоанна (Павлихина) во епископа Магаданского и Синегорского. Его Святейшеству сослужили управляющий делами Московской Патриархии митрополит Саранский и Мордовский Варсонофий (Судаков), митрополит Красноярский и Ачинский Пантелеимон (Кутовой), митрополит Ростовский и Новочеркасский Меркурий (Иванов), архиепископ Виленский и Литовский Иннокентий (Васильев), викарий Калининградской епархии епископ Балтийский Серафим (Мелконян), руководитель Административного секретариата Московской Патриархии епископ Солнечногорский Сергий (Чашин).