Родился в семье православного священника в деревне Леликово Вытегрского уезда Олонецкой губернии (ныне - Вытегорского района Вологодской области), русский.
Участник Первой мировой войны, на службе с 1916 года; окончил школу прапорщиков в Петергофе (1916 год). Командир роты 55-й пехотной дивизии (1916-1917), поручик. В феврале 1917 года примкнул к большевикам, был избран председателем полкового комитета и членом ВРК дивизии.
Во время гражданской войны служил в отряде особого назначения Мурманского боевого участка, помощник начальника штаба оперативной группы, начальник штаба 6-й бригады 2-й стрелковой дивизии (май 1919 - декабрь 1921 года).
С декабря 1921 года в Разведуправлении штаба РККА - помощник начальника 6-го, начальник 4-го отделения 3-го отдела (декабрь 1921 - ноябрь 1922 года), помощник начальника Информационно-статистической части Разведотдела штаба РККА (ноябрь 1922 - ноябрь 1924 года), начальник 3-го отдела (ноябрь 1924 - август 1929) того же управления и одновременно помощник начальника Управления. Близкий друг и соратник Я. К. Берзина.
В 1927 году Никонов окончил курсы усовершенствования высшего начсостава при Военной академии им. М. В. Фрунзе. Преподавал на Восточном факультете названной Академии. Стажировался в войсках в должности командира батальона 127-го стрелкового полка, командира полка (август 1929 - февраль 1931 года).
Начальник 3-го отдела и одновременно помощник начальника РУ штаба РККА (февраль 1931 - январь 1934). Комдив (21.11.1935). Заместитель начальника Разведуправления штаба РККА (декабрь 1934 - август 1937).
3-й (информационно-статистический) отдел в 1920-1930-х считался и по составу, и по квалификации сотрудников наиболее подготовленным в профессиональном отношении подразделением центрального аппарата советской военной разведки. 3-й отдел являлся аналитическим центром Разведуправления, который систематизировал, обобщал и анализировал всю поступающую информацию и давал свою оценку событиям, происходящим в Европе и мире. Из 3-го отдела поступали заявки во 2-й (агентурный) отдел на получение информации по военным и политическим проблемам, интересовавшим высшее военное руководство страны. Фактически, Никонов был главным военным аналитиком в СССР. В мае 1928 года Никонов с участием Берзина и ряда других военных разведчиков по инициативе М. Н. Тухачевского подготовил и издал тиражом 80 экземпляров закрытое исследование для высшего военно-политического руководства страны «Будущая война» объёмом в 735 страниц. На основе этой закрытой разработки в 1929 году Никонов в соавторстве с Я. М. Жигуром написал книгу «Подготовка войны против СССР», вышедшую в 1929 году тиражом 5 000 экземпляров (авторы выступили под псевдонимами С. Дашиньский и Я. Радопольский соответственно). На основе информации, добытой советской военной разведкой, авторы этой книги обстоятельно проанализировали характер возможной войны между СССР и его потенциальными противниками на международной арене и довели до сведения читателей свои выводы о внешних угрозах безопасности Советского государства.
После снятия Я. К. Берзина с 1 по 5 августа 1937 года исполнял должность начальника Разведуправления.
Арестован 05.08.1937, расстрелян 26 октября того же года. Реабилитирован 19.05.1956.