Родился в 1837 году в городе Шароль (Франция). Продолжительное время жил в Океании (на острове Таити) и Индии в период 1865-1869 годов. Путешествовал по Индокитаю и Америке, занимал судебные должности во французских колониальных владениях. По возвращении во Францию описал многие свои приключения в книгах «Путешествие в страну слонов» (1876), «Факиры-очарователи» (1880), «Путешествие в страну баядерок» (1873).
Для автора были характерны два типа романов: приключенческий роман («Грабители морей»), и романы, изобилующие научно-популярными сведениями, иногда почти не связанные с ходом действия (трилогия «Берег слоновой кости», «Берег чёрного дерева», «Песчаный город»).
Целый ряд своих книг Луи Жаколио посвятил этнографическим вопросам и сравнительному изучению индийской религии и мифологии. В книге «Индийская Библия, или жизнь Иисуса Кришны» (La Bible dans l’Inde, ou la Vie de Iezeus Christna), он сравнивает жизнеописания Кришны в священных писаниях индуизма и Иисуса Христа в Евангелиях и приходит к выводу, что большое количество совпадений в них не могло быть простым совпадением. Жаколио пришёл к выводу, что тексты Евангелий основаны на мифологии Древней Индии, при этом, правда, не утверждая что Иисус был непосредственно в Индии. Жаколио счёл, что имя «Христос» является способом написания слова «Кришна», а также утверждал, что ученики Кришны дал ему имя «Iezeus», что означает «чистая сущность» на санскрите.
В путевых очерках и увлекательных приключенческих романах «Пожиратели огня» (1887), «В трущобах Индии» (1888), «Затерянные в океане» (1893) и др. Жаколио проявил своё сочувствие к угнетённым народам и критиковал английских, португальских и французских колонизаторов.
Во время своего пребывания в Индии собирал санскритские легенды, которые впоследствии популяризировал. Он также утверждал, что в санскритских текстах читал историю, где говорится о земле под названием Рутас, которую поглотил Индийский океан. Однако Жаколио предположил, что речь идет о Тихом океане и связал это с мифом об Атлантиде. Легенда о земле Рутас напоминает также историю об исчезнувшем континенте Му.
Его произведения часто цитировала Елена Блаватская в книге «Разоблачённая Изида», и всё, что сказано там о Лемурии, имеет своим источником гипотезы Жаколио.
Кроме того, в книге Жаколио «Сыновья Бога» (Les Fils de Dieu) впервые упоминается об Агартхе.
Луи Жаколи умер в 1890 году в Сен-Тибо-де-Винь (департамент Сена и Марна).
Романы Луи Жаколио пользовались широкой популярностью в Российской империи, где в 1910 году было издано 18 томов его сочинений в переводе на русский язык.
В Советской России книги автора были запрещены как социально вредные и с 1928 по 1989 год не издавались. Единственным исключением стал роман «Берег чёрного дерева и слоновой кости», вышедший в 1958 году, однако и он до 1989 года больше не переиздавался.